Научно-исследовательский институт прикладной физики ИГУ был организован в 1969 году Постановлением Госкомитета СССР по науке и технике № 68 от 23.12.69 г.
НИИПФ был организован на базе двух структурных подразделений ИГУ: Физико-химический НИИ, который работал с 1947 по 1969 год, и Проблемной лаборатории люминесценции и электролюминесценции кристаллических веществ, которая работала при кафедре экспериментальной физики Иркутского госуниверситета с 1966 года.
Первым директором НИИПФ был профессор Василий Васильевич Пластинин (с 1970 по 1974гг).
С 1974 по 1987 гг директором института был доктор физико-математических наук, заслуженный деятель науки РСФСР, профессор Иосиф Антонович Парфианович .
С 1987 года по апрель 2005 года директором института был доктор физико-математических наук, профессор Юрий Викторович Парфенов.
С апреля 2005 года по июль 2006 года обязанности и.о. директора института выполнял к.ф.м.н. Леонид Михайлович Соболев.
С июля 2006 года по сентябрь 2019 года директором был доктор физико-математических наук, профессор Николай Михайлович Буднев .
С 26 октября 2019 года кандидат физико-математических наук Андрей Борисович Танаев стал исполняющим обязанности директора института, а 9 сентября 2020 года назначен на должность директора НИИПФ ИГУ.
Первыми направлениями исследований в институте стали: физика люминесценции кристаллов и исследования в области распространения радиоволн. Позже добавились направления рентгеноспектрального анализа, исследования в области газодинамики низкотемпературной запыленной плазмы, физика алмазов и астрофизика.
Основы для исследований люминесценции кристаллов и физики лазерных сред в НИИПФ ИГУ были заложены в 30-50-х годах работами профессора И.А.Парфиановича и его коллег. В 60-х годах сотрудники лаборатории, объединенные общим руководством И.А.Парфиановича, номинально числились в разных подразделениях университета: в Проблемной лаборатории люминесценции и электролюминесценции кристаллических веществ (создана в 1965 г.), в Физико-химическом НИИ при Иркутском госуниверситете и на кафедре экспериментальной физики физического факультета.
При формировании НИИ прикладной физики в 1969 г. этот коллектив был объединен в одну лабораторию физики рекомбинационных процессов, которой заведовала Е.И.Шуралева. С 1973 года по настоящее время лабораторией руководит проф. Е.Ф.Мартынович. Тематика лаборатории постоянно совершенствовалась и в 80-х годах она стала называться лабораторией люминесценции кристаллов и физики лазерных сред.
Исследования в области распространения радиоволн в Иркутском госуниверситете были начаты в 1967 г. под руководством профессора В. М. Полякова на кафедре радиофизики. При образовании НИИ прикладной физики в 1969 г. коллектив, занимавшийся распространением радиоволн, сформировал костяк лаборатории распространения радиоволн. Лабораторию возглавляли Семеней Ю. А. (1969-1972 гг.), Розов В. Н. (1972-1975 гг.) и Тинин М. В. (с 1975 г. по настоящее время)
На первых порах тематика лаборатории определялась, в основном, выполняемыми крупными хоздоговорами в интересах отраслевых министерств. Для проведения экспериментальных исследований собственными силами был создан выносной радиофизический полигон в живописной Тункинской долине. На этом полигоне был проведен ряд уникальных исследований характеристик ионосферных радиоволн на трассах различной (включая кругосветные) радиотрассах. (В настоящее время на этом полигоне отдел элементарных частиц и нейтринной астрофизики ведет исследования в области гамма-астрофизики). Кроме экспериментальных велись теоретические работы по разработке методов расчетов характеристик ионосферных радиоволн и исследования аномальных механизмов распространения радиоволн с помощью численного моделирования.
В настоящее время исследования ведутся под руководством профессоров Тинина М.В., Иванова В.Б. и Сажина В.И.
Исследования в области рентгеноспектрального анализа в Институте прикладной физики ведутся с 1971 года.
Основным направлением научно-практической деятельности лаборатории рентгеноспектрального анализа является исследование процессов взаимодействия фотонов и электронов с веществом, развитие теории формирования рентгеновской флуоресценции и ее использование при решении задач рентгенофлуоресцентного анализа (РФА) образцов сложного состава.
Одним из ведущих направлений исследований в НИИПФ являются исследования в области элементарных частиц и нейтринной астрофизики.
В декабре 1980 года в составе НИИПФ ИГУ была организована Лаборатория физики лептонов во главе с Н.М.Будневым, которая вместе с имевшейся в составе института Лабораторией автоматизации физических исследований (зав. лаб. А.А.Шестаков) и группой теоретической физики (рук. Ю.В.Парфенов) вошла в состав Отдела элементарных частиц и нейтринной астрофизики (зав. отделом Ю.В.Парфенов).
История создания отдела связано с реализацией идеи создания больших глубоководных черенковских детекторов в естественных водоемах, выдвинутой академиком М.А.Марков в 1960 году. Возможность практической реализации этого предложения начала обсуждаться в международном сообществе физиков в середине 70-х годов. В результате проведения нескольких рабочих совещаний родился проект создания глубоководного детектора мюонов и нейтрино около Гавайских островов (проект ДЮМАНД).
Для проведения работ по программе глубоководной регистрации мюонов и нейтрино в 1980 году в Институте ядерных исследований РАН была организована лаборатория Нейтринной астрофизики высоких энергий во главе с Г.В.Домогацким. При выборе научной организации в Иркутске, на базе которой должны были бы развиваться соответствующие исследования, выбор пал на Институт прикладной физики Иркутского государственного университета, несмотря на наличие в Иркутске такого крупного физического института как СИБИЗМИР СО АН СССР.
Таким образом, в 1981 году НИИПФ ИГУ вошел в состав коллаборации “BAIKAL”.
Интерес к Байкалу как к месту создания глубоководных черенковских детекторов элементарных частиц возник в связи с предложением А.Е Чудакова использовать ледовый покров озера для проведения монтажных операций при отработке методики глубоководной регистрации нейтрино.
Уже в марте 1981 года была проведена первая ледовая экспедиция, во время которой были проведены эксперименты по регистрации черенковского света мюонов оптическим модулем с фотоумножителем ФЭУ-49Б в байкальской воде.
В 1993 году началось развертывание первого глубоководного черенковского детектора – нейтринного телескопа НТ-200, в физической программе которого была и регистрация нейтрино. Развертывание телескопа закончилось в 1998г. С этого времени телескоп ежедневно регистрировал около миллиона событий, включая одно нейтринное.
Успешная эксплуатация на протяжении свыше десяти лет нейтринного телескопа НТ200 и результаты анализа полученных на нем данных доказали эффективность метода глубоководной регистрации нейтрино в пресной воде оз. Байкал. Следующим шагом стала разработка проекта телескопа нового поколения BAIKAL-GVD с просматриваемым объемом водной массы порядка 1 куб. км.
Телескоп будет иметь модульную структуру, формируемую из функционально независимых установок – кластеров вертикальных гирлянд оптических модулей. Модульная структура телескопа позволит вести набор экспериментальных данных уже на ранних этапах развертывания установки и обеспечивает перспективу практически неограниченного наращивания его объема. Выбранная структура телескопа позволит также изменять его конфигурацию по мере изменения во времени научных приоритетов.
В 2015 г. был создан первый кластер нейтринного телескопа Baikal-GVD, названный глубоководной установкой “Дубна”.
В 2017 г. был создан второй кластер нейтринного телескопа Baikal-GVD.
Создание такой крупной физической установки как нейтринный телескоп было бы не возможно без проведения детальных исследований свойств водной среды озера, являющейся рабочим телом детектора. Многие полученные при этом результаты очень интересны и для изучения оз.Байкал как такового. В особенности, здесь надо отметить открытие в 1982 году собственного свечения водной среды озера. Это свечение по своим свойствам принципиально отличается от явления биолюминисценции, наблюдаемой в океане. Исследование свойств и природы явления показало, что оно может быть использовано как уникальный природный индикатор хода биологических и водообменных процессов в озере. В лаборатории разработана методика и создан ряд приборов для измерения первичных оптических характеристик водной среды в условиях “in situ” с рекордной точностью. Измерения оптических свойств также дают богатый материал о развитии биоты озера.
Гидроакустическая система Нейтринного телескопа помимо того, что она позволяет измерять положение в пространстве элементов установки с точностью 20 см, является прообразом акустической томографической системы, которая может позволить наблюдать отражение глобальные процессов в оз.Байкал. В частности, ведется постоянный контроль за изменением средней температуры воды в районе постановки телескопа во всем вертикальном слое.
В середине 90-х в отделе была создана группа космических лучей и нейтринной астрофизики в настоящее время выросшая в отдельную лабораторию астрофизики элементарных частиц и гамма-астрономии.
В течение 70-90-х годов в НИИПФ велись исследования в области физики алмазов .
Лабораторией физики алмазов был выполнен ряд работ по исследованию рентгено- и фотолюминесценции, электропроводности и фотопроводимости алмазов, механизму переноса заряда в алмазных детекторах ионизирующих излучений. В конце 80-х годов начаты разработки специализированных приборов, предназначенных для сортировки алмазного сырья по качеству и макродефектности. Разработки лаборатории защищены 24 авторскими свидетельствами СССР.
Исследования природных алмазов велись в следующих направлениях:
разработка новых методов сепарации алмазосодержащих руд,
разработка алмазных детекторов ионизирующих излучений,
разработка новых методов сортировки алмазного сырья и специализированных приборов для их реализации,
исследование электрофизических и люминесцентных свойств природных алмазов.
Лаборатория физики алмазов поддерживала научные контакты с ведущими организациями отрасли: АК “АЛРОСА”, институты ЯКУТНИПРОАЛМАЗ, ИРГИРЕДМЕТ, ГИНАЛМАЗЗОЛОТО, ВНИИАЛМАЗ, ФИАН, ИФТП, ТРИНИТИ и др.